Naxçıvan Muxtar Respublika Xəstəxanasında aşağıdakı şöbələr fəaliyyət göstərir:
Naxçıvan şəhəri
Naxçıvan Muxtar Respublika Xəstəxanası
Naxçıvan Sağlamlıq Mərkəzi
Naxçıvan Muxtar Respublikası Yoluxucu Xəstəliklər Mərkəzi
Naxçıvan Muxtar Respublikası Perinatal Mərkəz
Zərifə Əliyeva adına Naxçıvan şəhər Poliklinikası
Ə.Əliyev adına Naxçıvan MR Mərkəzi Uşaq Xəstəxanası
Ağciyər Xəstəliklər Dispanseri
Culfa Rayon Mərkəzi Xəstəxanası
Naxçıvan şəhər Təcili Tibb Mərkəzi
Şahbuz Rayon Mərkəzi Xəstəxanası
Kəngərli Rayon Mərkəzi Xəstəxanası
Cəhri Qəsəbə Sahə Xəstəxanası
Aralıq Kənd Sahə Xəstəxanası
Sədərək Rayon Mərkəzi Xəstəxanası
Şərur Rayon Mərkəzi Xəstəxanası
Şərur Rayon Uşaq Xəstəxanası
Babək Rayon Mərkəzi Xəstəxanası
Nehrəm Qəsəbə Sahə Xəstəxanası
Ordudad Rayon Mərkəzi Xəstəxanası
Ordubad Rayon Uşaq Xəstəxanası
